Magiera w piątek zasłabł podczas porannego treningu biegowego. Mimo szybkiej akcji ratunkowej, reanimacji oraz transportu do Wojskowego Szpitala Klinicznego we Wrocławiu nie udało się go uratować. Zmarł wskutek zatrzymania krążenia. Miał 49 lat.
"Uroczystości pogrzebowe śp. Jacka Magiery odbędą się w czwartek w Warszawie. Msza święta żałobna zostanie odprawiona o godzinie 12.00 w Katedrze Polowej Wojska Polskiego przy ul. Długiej. Następnie kondukt żałobny uda się na Cmentarz Wojskowy na Powązkach, gdzie o godz. 14.30 odbędzie się ceremonia pogrzebowa. Rodzina Zmarłego prosi o modlitwę. Z uwagi na charakter miejsca oraz uroczystości pogrzebowej, liczba dostępnych miejsc w katedrze jest ograniczona" - przekazał PZPN w komunikacie na platformie X.
Całe piłkarskie środowisko jest poruszone śmiercią asystenta selekcjonera reprezentacji Polski, który w latach 1997–2006 był piłkarzem Legii. Po zakończeniu kariery Magiera pracował w stołecznym klubie. W latach 2016-2017 był trenerem Legii. Zdobył mistrzostwo Polski i prowadził zespół w meczach Ligi Mistrzów z Realem Madryt, Borussią Dortmund i Sportingiem Lizbona. Później był selekcjonerem reprezentacji Polski do lat 19 i 20. W latach 2021-2024 pracował w Śląsku Wrocław. Następnie znalazł się w sztabie Jana Urbana, który objął reprezentację w 2025 roku.
Od piątku wszystkie mecze piłkarskie na szczeblu centralnym w Polsce były poprzedzane minutą ciszy. W szczególny sposób Magierę upamiętnili kibice Legii, którzy przed sobotnim spotkaniem z Górnikiem Zabrze zaprezentowali wielką flagę z wizerunkiem zmarłego trenera oraz odpalili race, które były ułożone w kształt liter J i M, czyli inicjałów Magiery.