Jacek Magiera schlug nach dem Ende seiner aktiven Karriere rasch eine Laufbahn als Trainer ein. Unter anderem betreute er polnische Jugend-Nationalmannschaften, 2016/17 arbeitete er als Cheftrainer für Legia Warschau. Mit dem Hauptstadtklub war er auch in der Gruppenphase der UEFA Champions League vertreten.
In einer Pressemitteilung teilte der polnische Fußballverband PZPN mit, dass man die Nachricht von Magieras Tod "mit tiefer Trauer und großem Bedauern" empfangen habe. Seinen Angehörigen wurde "aufrichtiges Beileid" ausgesprochen. Über die Umstände seines Todes gibt es keine öffentlichen Informationen, es wird darum gebeten, "die Privatsphäre und Ruhe der Hinterbliebenen in dieser schwierigen Zeit zu respektieren".