Foram seis épocas em que o defesa vestiu a camisola da formação navarra, período durante o qual disputou 164 jogos.
Mas isso já faz parte da história de um Osasuna que anunciou a saída de Juan Cruz e ao qual agradeceu pelo seu "brio, compromisso e companheirismo de forma exemplar", acrescentando que "para além do excelente rendimento apresentado, Juan Cruz soube personificar desde a sua primeira época valores que lhe valeram o respeito e o carinho dos colegas e dos adeptos".
Nesta passagem pelo clube navarro, os seus maiores feitos coletivos foram seis permanências na Primeira Liga, um apuramento europeu e um vice-campeonato da Taça do Rei.