O início da época esteve tremido, mas André Villas-Boas manteve João Brandão no cargo e o técnico acabou por conduzir a equipa secundária ao 5.º lugar da Liga 2, terminando a temporada à frente de Benfica B e Sporting B.
Depois de alcançar uma boa classificação em 2025/26, João Brandão viu o vínculo com os dragões ser renovado por duas temporadas, ou seja, até junho de 2028.
Esta foi a segunda temporada de João Brandão na equipa B do FC Porto. De acordo com os números divulgados pelo clube, o técnico apostou em 25 jogadores da formação em 2025/26.
João Brandão, que não perdeu nenhum dos jogos com as equipas B de Benfica e Sporting esta época, foi distinguido no mês de fevereiro como melhor treinador da Liga 2.
O técnico, de 43 anos, apresenta um saldo de 68 jogos, 23 vitórias, 13 empates e 28 derrotas desde que assumiu o cargo de treinador principal do FC Porto B.