Im Mai 2023 war der frühere Profi beim FC Bayern am letzten Spieltag der Saison zusammen mit Vorstandschef Oliver Kahn entlassen worden. Mit seinem Ex-Klub, vor allem mit Ehrenpräsident Uli Hoeneß, sei inzwischen aber alles ausgeräumt.
Knackpunkt: Salihamidzic und Nagelsmann
Zu Beginn hatte "ich meine Probleme, weil ich tatsächlich total mit dem Herzen dabei war. Deswegen habe ich vielleicht ein bisschen länger gebraucht, um mich davon zu erholen", sagte Salihamidzic. Er habe sich aber mit Hoeneß beim "Schafkopf" ausgesprochen. "Er hat sich auch nach zwei Stunden bei mir entschuldigt. Deshalb ist das für mich erledigt. Ich bin froh, dass ich für diesen Klub spielen und arbeiten durfte", führte der Bosnier weiter aus.
Von 1998 bis 2007 hatte Salihamidzic für die Bayern gespielt. 2017 war er als Nachfolger von Matthias Sammer Sportdirektor geworden, von 2020 bis 2023 fungierte er als Sportvorstand. Vor dem Saisonfinale 2023 beschloss der mächtige Aufsichtsrat um Hoeneß jedoch die Entlassung. Zum Vorwurf wurde Salihamidzic und Kahn vor allem die Vorgehensweise beim Rauswurf von Trainer Julian Nagelsmann gemacht.